「電子処方箋」とは、従来、紙で交付されていた処方箋を電子データ化したものです。電子データ化されることで、医療機関・薬局・患者それぞれが得られるメリットは大きいですが、まだまだ電子処方箋を導入していないクリニックは多いのが実情です。そこで今回は、クリニックが電子処方箋を導入することによって得られるメリットや、導入ステップなどを詳しく解説していきます。

電子処方箋とは

「電子処方箋」は、厚生労働省が推進している「医療DX令和ビジョン2030」の取り組みのひとつで、2023年1月26日に運用が開始されています。

冒頭で説明した通り、従来、紙で交付されていた処方箋を電子データ化する仕組みで、具体的には、医師・歯科医師が処方した薬の情報が、「電子処方箋管理サービス」を通して薬剤師に伝達されて、薬剤師は薬剤師で、調剤した薬の情報を登録・管理することができます。

電子処方箋を導入する医療機関や薬局が増えると、医療従事者が薬の情報を今以上に安全に共有できるようになるだけでなく、患者は自身が服用している薬の記録を、スマホなどを通して確認することができます。

参照：デジタル庁「電子処方箋の導入状況に関するダッシュボード」

電子処方箋の導入率

電子処方箋の最新の導入率は、デジタル庁が公表している「電子処方箋の導入状況に関するダッシュボード」で確認することができます。

ダッシュボードによると、2026年2月23日時点での導入率は次の通りです。

薬局での導入率が90％弱であるのに対して、導入から3年以上を経ているにも関わらず、医療機関での導入率は未だに低いのが現実です。

参照：デジタル庁「電子処方箋の導入状況に関するダッシュボード」

医療機関での電子処方箋の導入率が低い理由

医療機関での電子処方箋の導入が進んでいない理由は次の通りです。

それぞれ詳しくみていきましょう。

ニーズを感じない・メリットが不明確

多くの医療機関が、現状の臨床業務で患者や自院にとって明らかなメリットが感じられないとしています。患者側からの要望が少ないことも理由の一つとされています。

導入・改修の費用負担が大きい

既存の電子カルテやレセプトコンピュータを電子処方箋対応に改修する際のコストが高く感じられることから、導入を躊躇する医療機関も多いとされています。

システム準備やベンダー対応の遅れ

電子処方箋対応のために 複数システムの改修が必要となることや、システムベンダーが対応を進めていないケースも、導入の進捗を妨げています。

周囲の医療機関・薬局が導入していない

医療機関同士、または薬局側の対応状況との「お見合い状態」となり、どちらも様子見をしてしまっていることも、全体の普及が進まない理由です。

安全に運用できるかの判断がつかない

医薬品のマスタの設定などが適切におこなわれているかなどが判断できず、安全に運用できる体制が整えられているといえないため、導入を躊躇う医療機関もあります。

電子カルテ未導入のケース

そもそも 電子カルテを導入していない医療機関では、電子処方箋の運用そのものが効率化に結びついていません。

電子カルテと紙カルテの併存による業務負担

電子処方箋導入後も、紙処方箋と併用せざるを得ないケースがあり、それが業務の複雑化につながっているケースもあります。

参照：全国保険医団体連合会―25年1月12日時点の電子処方箋の普及率　病院は3.9％　医科診療所は9.9％　「25年3月までに概ね全国に普及」との目標は未達

「うちはまだいいかな」が危険な6つの理由

医科診療所での電子処方箋の導入率が24.9％（2026年2月23日 23日時点）と聞くと、「うちも導入はまだ先でいいかな」と考えるかもしれません。しかし、電子処方箋の導入を先送りにすることには大きなデメリットが伴います。つまり、電子処方箋を今すぐ導入することのメリットは大きいということです。

具体的になぜ危険かというと次の通りです。

それぞれ詳しく解説していきます。

加算の取りこぼしが生じる

電子処方箋そのものに直接付与される加算はありませんが、診療報酬上の「医療DX推進体制整備加算」の評価項目として、電子処方箋の導入が反映される仕組みが設けられています。

つまり、電子処方箋を導入していれば、「医療DX推進体制整備加算」を算定できる場合があるということです。「医療DX推進体制整備加算」には、「医療DX推進体制整備加算1」から「医療DX推進体制整備加算6」までありますが、このうち、1～3については、電子処方箋を発行する体制を整えているか、あるいは調剤情報を電子処方箋管理サービスに登録する体制を有していることが加算の条件に含まれています。

「医療DX推進体制整備加算1」から「医療DX推進体制整備加算6」の医科における点数は次の通りです。

また、加算できる施設基準は次の通りです。

［施設基準］
（1）オンライン請求をおこなっていること
（2）オンライン資格確認をおこなう体制を有していること
（3）
（医科・歯科）医師・歯科医師が電子資格確認を利用して取得した診療情報を、診療をおこなう診察室、手術室または処置室などにおいて、閲覧または活用できる体制を有していること
（調剤）保険薬剤師が電子資格確認の仕組みを利用して取得した診療情報を閲覧または活用して、調剤できる体制を有していること
（4）（医科・歯科）電子処方箋を発行する体制または調剤情報を電子処方箋管理サービスに登録する体制を有していること（加算1～3のみ）
（調剤）電子処方箋を受け付け、当該電子処方箋により調剤する体制を有するとともに、紙の処方箋を受け付けて調剤した場合を含めて、原則として、すべててにつき調剤結果を速やかに電子処方箋管理サービスに登録すること（加算1～3のみ）
（5）電子カルテ情報共有サービスを活用できる体制を有していること（経過措置 令和7年9月30日まで）
（6）マイナンバーカードの健康保険証利用の使用について実績を一定程度有していること
（7）医療DX推進の体制に関する事項および質の高い診療を実施するための十分な情報を取得および活用して診療をおこなうことについて、当該保険医療機関の見やすい場所およびホームページなどに掲示していること
（8）マイナポータルの医療情報等に基づき、患者からの健康管理に係る相談に応じること
（9）（調剤）電磁的記録による調剤録及び薬剤服用歴の管理の体制を有していること

参照：厚生労働省「医療DX推進体制整備加算の見直し（令和7年4月1日から適用）

なお、（6）の「一定程度」が具体的にどのくらいかというと、2026年3月1日～5月31日かけては、次の通りとされています。

※ただし、小児科外来診療料を算定している医療機関であって、令和6年1月1日から同年12月31日までの延外来患者数のうち6歳未満の患者の割合が3割以上の医療機関においては、「医療DX推進体制整備加算3・6」に関しては「30％」ではなく「27％」とされています。

参照：厚生労働省「医療DX推進体制整備加算の見直し（令和7年10月以降）」

医療安全の観点で不利になる

電子処方箋だと、全国の処方情報をもとにリアルタイム確認が可能ですが、紙処方箋のみの場合、他院処方の把握が困難です。そのため、重複投薬・併用禁忌チェックの精度は低いといえます。特に、高齢患者の多剤併用管理が大切な地域密着型の医療機関などにとっては、この点は大きなデメリットであるといえるでしょう。

患者から選ばれにくくなる

電子処方箋対応医療機関を選ぶ患者が増えると、患者から選ばれにくくなる可能性があります。なぜかというと、電子処方箋に対応している医療機関を選べば、患者は自身のスマートフォンなどから処方情報を確認できるため、安心して服用することができるためです。また、紙の処方箋の発行にかかる時間が削減されることなどから、待ち時間の短縮にもつながります。さらに、「薬局に着くまでの間に処方箋を紛失してしまった」というリスクを防ぐこともできます。

紙管理コストがかかり続ける

紙の処方箋を発行し続けるということは、印刷・保管・再発行対応・FAX送信対応などの紙管理コストがかかり続けるということです。無論、アナログ業務も継続することになります。

災害時の情報共有リスクがある

災害・停電時に遠隔での処方情報管理が困難になります。

制度に対応できないリスクが高い

日本の医療DXにおいては、マイナ保険証・電子カルテ標準化・電子処方箋・医療情報共有サービスが一体となって進められています。そのため、これらすべてへの対応を早めに進めておかなければ、将来的に大きなシステム改修が必要となるリスクが高いといえます。

電子処方箋の導入ステップ

医療機関が電子処方箋を導入するステップは次の通りです。

なお、電子処方箋を導入しても、すぐに院内の紙が完全になくなるわけではありません。患者が電子処方箋未対応の薬局を利用する場合や、スマートフォン等で引換番号を確認できない患者に対しては、これまで通り紙の「処方内容（控）」を印刷して手渡す運用が発生します。
そのため、受付や診察室において「マイナ保険証での情報提供同意の取得」や「控え用紙を渡す際の説明」など、医師だけでなく看護師や医療事務を含めた現場スタッフの新たな業務フローをあらかじめ明確にし、マニュアル化しておくことがスムーズな運用の鍵となります。

自院システムの対応可否確認

自院が使っている電子カルテが電子処方箋対応可能であるのか、レセコンの改修が必要であるのかを確認します。電子カルテが、現状、電子処方箋に対応していない場合、ベンダーに対応状況を確認しましょう。

必要環境の整備

まず、電子処方箋はオンライン資格確認基盤を活用するため、オンライン資格確認の導入が必須です。

また、マイナンバーカードに対応していることや、セキュリティ・回線状況を整えることも必要です。セキュリティに関しては、医療情報ガイドラインに準拠しているかを確認して、回線に関しては、IP-VPN回線の状況などを確認します。

システム事業者に見積もり依頼

電子処方箋の導入作業はシステム事業者がおこないます。そのたま、電子処方箋版対応ソフトの提供などにいくらかかるのか、相見積もりを出してもらうことが大切です。

医師の電子署名

医療機関が電子処方箋を発行するには、医師による電子署名が必要です。なぜかというと、電子処方箋には法的に「真正性・改ざん防止」が求められるため、医師本人による公的個人認証レベルの電子署名が必須であるためです。

医師による電子署名の方法は、「HPKIカードを取得する」または「マイナンバーカードを活用する」となります。ただし、マイナンバーカードを活用する場合、HPKI登録が必要なため、“カードレスで手続きできる”とはいえ、どっちみち登録が必要なことに変わりありません。

なお、HPKIとは、保健医療福祉分野公開鍵基盤認証局が発行する医療資格者向け電子証明書のことです。

参照：日本医師会電子認証センター「医師資格証（HPKIカード）について　医師資格証とは」

医薬品等マスタの設定などの点検

電子処方箋管理サービスに利用申請する前に、自院で使用している医薬品等マスタが適切に設定されているかを点検する必要があります。また、YJコード、レセプト電算コード、一般名コードを適切に設定していることや、医薬品の用量を設定する際に、医薬品の単位が適切に記録されるシステムを使用していることなども必要になります。

なお、医薬品等マスタの設定などに関する点検について詳しく知りたい場合、医療機関等向けポータルサイト「電子処方箋の利用申請」のページに設置されている解説資料やチェックリストが参考になります。

参照：医療機関等向け総合ポータルサイト「電子処方箋の利用申請」

電子処方箋の利用申請

電子処方箋の利用申請は、医療機関等向けポータルサイトからおこないます。

参照：医療機関等向け総合ポータルサイト「電子処方箋の利用申請」

【システム事業者が対応】電子処方箋対応版ソフトの提供／【各医療機関で対応】パソコンの設定

システム事業者に電子処方箋対応版ソフトを提供してもらったら、自院でパソコンの設定および業務上の操作確認をおこないます。

運用開始日の入力

電子処方箋の運用開始日を決定したら、医療機関等向けポータルサイトから、運用開始日を入力する必要があります。

院内運用設計

などを決めていきます。

患者向け掲示物の準備

院内の運用を設計することと並行して、患者向け掲示物の準備を進めていくことが大切です。

動作確認・リハーサル

テスト患者で電子処方箋を発行することで、リハーサルをおこないます。また、薬局と連携テストを実施することも不可欠です。

地方厚生局への届出（必要な場合）

電子処方箋導入後、診療報酬上の「医療DX推進体制整備加算」を算定する場合は届出が必要です。

参照：厚生労働省　電子処方箋の概要「2. 電子処方箋の導入検討・運用中の方へ　2.1 導入～運用のステップ」

電子処方箋の導入に要する期間は？

前述の電子処方箋導入ステップをすべて踏んで、医療機関が電子処方箋を導入できるまでには一定の期間を要します。

小規模クリニックであれば1～3か月、病院であれば3～6か月が目安となるため、早めに着手するに越したことはありません。

特に、「ベンダー改修待ち」「院内のスタッフの理解がなかなか追いつかない」「薬局側が未対応である」「電子カルテと紙カルテの両方を運営している」などの場合、時間がかかるケースが多いため、自院にとっての“つまずきポイント”をあぶりだしたうえで、どうすればスムーズに導入できるかを考えることも大切です。なお、ベンダーの改修待ちでなかなか進まない場合、医療DX関連で他にできることを先に進めていくことが得策といえます。薬局側が未対応の場合、ただ待っているだけでなく、「質の高い医療提供のためにも電子処方箋を活用していきたい」という自院の方針などをきちんと伝えることも大切です。

電子処方箋の導入に補助金は活用できる？

電子処方箋の導入にかかった費用に充当できる補助金の申請は、2026年2月時点においてまだ締め切られていません。ただし、かつて「令和7年9月30日までに電子処方箋を導入しなければ補助金は申請できない」とされていたものが、現在、延長されており、最終的な期限が未定となっている状況のため、いつ締め切られるかわからないため、早めに申請することが賢明であるといえます。

実際の導入費用（システム改修費や導入サポート費、初期設定費など）は、利用している電子カルテやレセコンのメーカーによって異なりますが、一般的なクリニック（診療所）の場合、概ね数十万円〜100万円程度が相場と言われています。
後述する補助金を活用することで、実質的な自院の持ち出し費用を数万円〜数十万円程度に抑えることが可能です。まずはシステム事業者に早めに見積もりを依頼し、補助金適用後の実質負担額を把握しておきましょう。

2026年2月時点において未導入の医療機関が申請できる補助金の概要は次の通りです。

電子処方箋管理サービス（リフィル処方箋等の新機能を同時導入する場合を含む）の初期導入の場合

病床数200床以上の大規模病院
大規模病院以外の病院
診療所
補助内容
200.7万円を上限に補助
※事業額の602.2万円の1／3を補助
※どちらか低いほうが交付対象となります
135.3万円を上限に補助
※事業額の405.9万円の1／3を補助
※どちらか低いほうが交付対象となります
27.1万円を上限に補助
※事業額54.2万円の1／2を補助
※どちらか低いほうが交付対象となります

電子処方箋管理サービス（リフィル処方箋等の新機能を同時導入する場合も含む）と院内処方機能を同時に初期導入した場合

病床数200床以上の大規模病院
大規模病院以外の病院
診療所
補助内容
247.7万円を上限に補助
※事業額の743.2万円の1／3を補助
※どちらか低いほうが交付対象となります
169.6万円を上限に補助
※事業額の508.8万円の1／3を補助
※どちらか低いほうが交付対象となります
35.9万円を上限に補助
※事業額71.7万円の1／2を補助
※どちらか低いほうが交付対象となります

参照：医療機関等向け総合ポータルサイト「7.導入にあたっての補助金や費用について」

電子処方箋対応の電子カルテを選ぶポイント

電子処方箋対応の電子カルテを選ぶポイントは次の通りです。

HPKI電子署名の実装方法

電子処方箋では医師の電子署名が必須です。
次のポイントについて確認すると、署名操作が複雑かどうかがわかります。

署名操作に時間がかかるポイントが少ないものを選ぶことが重要です。

電子処方箋管理サービスとの接続実績

電子処方箋は、社会保険診療報酬支払基金の管理サービス経由で動きます。そのため、次の点について確認しておくと安心です。

紙との併用運用がスムーズか

将来的には電子処方箋のみ発行するとしても、現実的には、「電子処方箋＋紙の処方箋の併用期間」が発生します。そのため、次の点について確認しておくといいでしょう。

これらをクリアしていない場合、業務の工数が倍増します。

重複投薬チェックの表示UI

電子処方箋の本質的価値は、重複投薬チェックが強化される点にあります。そのため、次の点については必ず確認したいところです。

アラートの出方によっては、“アラート疲れ”を感じやすいので、どのような設計であるかを事前に確認することが望ましいといえます。

医療DX推進体制整備加算への対応

電子処方箋は単体ではなく、

と一体で動くものです。そのため、将来の標準型電子カルテ対応予定も含めて、必ず確認することが不可欠です。

ベンダーの開発ロードマップ

の3点については今のうちに確認しておくことが大切です。

導入コストと改修費の内訳

「電子処方箋対応オプション」が別料金かどうか確認することに加えて、次の点についても確認することが大切です。

【医療機関別アドバイス】

なお、特に小規模クリニックの場合は、UIがシンプルであることと、署名が簡便であることを重視したいところです。

医師が複数勤務している医療機関の場合、電子署名管理の運用設計が鍵となります。

将来的にM&Aや事業承継を予定している場合は、標準化対応力を最優先しましょう。

電子処方箋の導入は「今すぐ」が正解

ここまで解説してきた通り、電子処方箋をなるべく早く導入したほうがいい理由は複数あります。特に、補助金はいつまで申請できるか決まっていないことから、補助金配布が打ち切られる前に導入できるよう、今すぐ動き出すことが得策であるといえます。しかも、マイナ保険証がそうだったように、結局は必ず導入しなくてはならなくなる可能性が高いので、いざそうなってから慌てるより、今のうちに手続きを済ませておくことが賢明だといえるでしょう。

Mac・Windows・iPadで自由に操作、マニュア ルいらずで最短クリック数で診療効率アップ

オンライン診療機能を搭載 したクラウド型電子カルテ 「CLIUS」

特徴

１．使いやすさを追求したUI・UX ・ゲーム事業で培って来た視認性・操作性を追求したシンプルな画面設計 ・必要な情報のみ瞬時に呼び出すことが出来るため、診療中のストレスを軽減 ２．診療中の工数削減 ・AIによる自動学習機能、セット作成機能、クイック登録機能等 ・カルテ入力時間の大幅削減による患者様と向き合う時間を増加 ３．予約機能・グループ医院管理機能による経営サポート ・電子カルテ内の予約システムとの連動、グループ医院管理機能を活用することにより経営サポート実現 ・さらにオンライン診療の搭載による効率的・効果的な診療体制実現

対象規模

無床クリニック向け 在宅向け

オプション機能

オンライン診療 予約システム モバイル端末 タブレット対応 WEB予約

提供形態

サービス クラウド SaaS 分離型

診療科目

内科、精神科、神経科、神経内科、呼吸器科、消化器科、、循環器科、小児科、外科、整形外科、形成外科、美容外科、脳神経外科、呼吸器外科、心臓血管科、小児外科、皮膚泌尿器科、皮膚科、泌尿器科、性病科、肛門科、産婦人科、産科、婦人科、眼科、耳鼻咽喉科、気管食道科、放射線科、麻酔科、心療内科、アレルギー科、リウマチ科、リハビリテーション科、、、、

詳細を見る