電子処方箋の導入費用には、国の医療情報化支援基金（ICT基金）による補助があります。基金は社会保険診療報酬支払基金に置かれ、申請は「医療機関等向け総合ポータルサイト」から行います。

この補助には、補助の対象とする導入の期限が設けられています。現在の期限は令和8年（2026年）9月です。この記事では、厚生労働省が公表している資料に沿って、診療所の上限額、対象になる費用、期限と10月以降の扱い、申請の流れを整理します。電子処方箋そのものの仕組みは「電子処方箋とは？仕組み・導入メリットと令和8年度改定での評価、クリニックの準備を解説」で解説しています。

電子処方箋の補助金の対象費用と上限額

補助の対象になる費用は、次の3つです。

医師資格証（HPKIカード）の取得費用そのものは対象外です。カードの取得手順は「医師資格証（HPKI）とは？電子処方箋に必要な理由と、取得までの手順・期間」にまとめています。

診療所の上限額は、何を導入するかで3つに分かれます。厚生労働省の「医療情報化支援基金等」の資料による金額です。

追加機能とは、リフィル処方箋、口頭同意による重複投薬等チェック結果の閲覧、マイナンバーカードによる電子署名、処方箋ID検索を指します。

補助額は「事業額を上限に、その1/2」です。たとえば初回導入に40万円かかった場合は20万円、60万円かかった場合は上限の27.1万円になります。ベンダーの見積もりがどの区分に当たるかで上限が変わるため、見積書で院外処方・院内処方・追加機能の内訳を分けてもらうと確認しやすくなります。

院内処方機能は、令和7年10月以降の補助から対象に加わりました。厚生労働省の資料では、院内処方の情報を電子処方箋管理サービスへ登録する際には電子署名を求めていないため、電子署名を必要としない施設はHPKIカードの保有等を求めない、とされています。院内処方中心のクリニックが検討しやすくなった点です。

電子処方箋の補助金の導入期限と令和8年10月以降

厚生労働省は、令和7年9月29日の第5回電子処方箋推進会議の資料で、補助の期限について次の方針を示しています。

薬局は令和8年9月で補助の期限を終えると明記されています。病院・診療所については、10月以降の扱いを改めて検討するとされており、本記事の執筆時点（2026年9月25日）で、厚生労働省のページで10月以降の補助の内容は確認できません。

ここから、状況ごとの考え方は次のとおりです。

申請期限は導入期限とは別に設定されています。導入が期限内でも申請が遅れると補助を受けられないため、期限は総合ポータルサイトの案内で必ず確認します。

なお、都道府県が独自に上乗せ補助を行っていた例もありますが、東京都の「医療機関における電子処方箋の活用・普及の促進事業」は令和7年度で終了しています。都道府県の補助は年度ごとに変わるため、所在地の都道府県のページで確認します。

電子処方箋の補助金申請の手順

申請は、導入を終えてから医療機関等向け総合ポータルサイトで行います。大まかな流れは次のとおりです。

1. 電子カルテ・レセプトコンピュータのベンダーに、電子処方箋対応の改修と見積もりを依頼する
2. 医師資格証（HPKIカード）を申請する。院外処方で電子署名を行う場合に必要
3. 総合ポータルサイトで電子処方箋の利用申請を行う
4. 改修・設定・運用テストを行い、運用開始日をポータルサイトに入力する
5. 領収書や費用の内訳が分かる書類をそろえ、ポータルサイトから補助金を申請する
6. 支払基金から補助金が交付される

厚生労働省のページでは、利用申請・運用開始日の入力・補助金申請の詳しい手順は総合ポータルサイトで案内するとしています。補助金は導入後の申請になるため、導入費用はいったん医療機関が支払うことを前提に資金繰りを考えておきます。

電子処方箋の補助金を申請する前に確認すること

申請の前に、次の点を院内とベンダーで確認しておくと、申請時の手戻りが減ります。

補助金の不明点は、オンライン資格確認等コールセンター（0800-080-4583）で受け付けています。

よくある質問

補助の上限はどの時点の費用で計算されるか

実際に支払った費用（事業額）のうち、区分ごとの事業額の上限までが計算の対象で、その1/2が補助されます。診療所の初回導入であれば、事業額54.2万円を上限に、その1/2の27.1万円が補助の上限です。

院内処方しか行っていない診療所も対象になるか

令和7年10月以降の補助では、院内処方機能が対象に加わりました。院内処方の情報の登録には電子署名が求められていないため、電子署名を必要としない施設はHPKIカードの保有等を求めない扱いです。

令和8年10月以降に導入した場合、補助はないのか

病院・診療所については、令和8年10月以降の補助の取扱いを改めて検討するとされています。執筆時点では内容を確認できないため、厚生労働省の電子処方箋のページと総合ポータルサイトの案内を確認してください。

まとめ

電子処方箋の補助は、医療情報化支援基金から支払基金を通じて交付されます。診療所の上限は、初回導入27.1万円、院内処方機能の同時導入35.9万円、院内処方機能の追加10.8万円で、いずれも事業額の1/2です。

補助の対象とする導入期限は令和8年9月までです。薬局はこれが最後とされ、病院・診療所の10月以降の扱いは改めて検討されることになっています。9月中に運用開始できるかどうかで取るべき対応が変わるため、ベンダーの作業日程と総合ポータルサイトの申請期限を先に確認しておきます。

参考

• 厚生労働省「電子処方箋」 https://www.mhlw.go.jp/stf/denshishohousen.html
• 厚生労働省「医療情報化支援基金等」 https://www.mhlw.go.jp/content/11120000/001208233.pdf
• 厚生労働省「電子処方箋の普及・活用拡大に向けた対応状況」（令和7年9月29日 第5回電子処方箋推進会議 資料1） https://www.mhlw.go.jp/content/11121000/001569995.pdf
• 社会保険診療報酬支払基金「医療情報化支援基金等」 https://www.ssk.or.jp/smph/datahealth/onlinesikaku/index.html
• 医療機関等向け総合ポータルサイト「電子処方箋管理サービス等関係補助金の申請について」 https://iryohokenjyoho.service-now.com/csm?id=kb_article_view&sysparm_article=KB0010040
• 東京都保健医療局「医療機関における電子処方箋の活用・普及の促進事業」 https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/iryo/iryo_hoken/denshisyohosen

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