電子カルテの普及率は令和に入って50％を超えてはいますが、今現在も紙カルテを使用している医療機関は存在します。ただし、医療DXが推進されるなか、電子カルテ導入に活用できる補助金や、電子カルテ情報共有サービスなどを導入・活用する体制を整えている医療機関が対象の加算などが用意されたことによって、導入率は今後加速度的にUPしていくと考えられます。そこで今回は、補助金および加算の内容について詳しく解説していきます。

電子カルテの普及率は？

電子カルテ普及率に関する最新の公的データは、厚生労働省が公表しているデータです。それによると、令和5年時点での一般病院での電子カルテ普及率は65.6％、一般診療所での電子カルテ普及率は55.0％となっています。また、一般病院での普及率は、病床規模によって、次の表のように異なることがわかっています。

※平成23年に関しては、※石巻医療圏、気仙沼医療圏、福島県全域を除いた数値

参照：厚生労働省「電子カルテシステム等の普及状況の推移」

電子カルテの普及率は今後どう変わる？

政府は、医療DX推進の一環として、電子カルテの普及については、「遅くとも2030年には概ねすべての医療機関において必要な患者の医療情報を共有するための電子カルテの導入を目指す」と定めています。

これは、「電子カルテ未導入の医療機関に対して、共有サービス／電子処方箋に対応できる標準化された電子カルテの導入を進める」ということに加え、「電子カルテ導入済の医療機関に対して、次回更新時に、共有サービス／電子処方箋に対応するシステム改修等の実施」という意味も含んでいます。

つまり、「現状、オンプレミス型電子カルテをカスタマイズして使用している医療機関に対しては、クラウドネイティブを基本とする電子カルテへの移行を促していく」ということになります。

参照：厚生労働省「電子処方箋・電子カルテの目標設定等について」

電子カルテ情報共有サービスとは？

前述の「患者の医療情報を共有するための電子カルテ」とはなにかというと、電子カルテに記載された内容について、院内だけでなく、他の医療機関や薬局、あるいは患者自身も閲覧できる仕組みに対応した電子カルテです。

これを「電子カルテ情報共有サービス」といい、「全国医療情報プラットフォームの仕組みの1つとして設定されています。電子カルテ情報共有サービスにおいて提供されるサービスは次の4つです。

診療情報提供書を電子で共有できるサービス（退院時サマリーについては診療情報提供書に添付）
各種健診結果を医療保険者および全国の医療機関等や本人等が閲覧できるサービス
患者の6情報を全国の医療機関等や本人などが閲覧できるサービス
患者サマリーを本人などが閲覧できるサービス

つまり、現状、院内でしか閲覧できないオンプレミス型電子カルテなどを使用している医療機関は、これら4つを提供できる電子カルテに乗り換えていく必要があるということになります。

参照：厚生労働省「電子カルテ情報共有サービス」

電子カルテの導入・乗り換えに活用できる補助金は？

2025年12月時点において、電子カルテの導入・乗り換えに活用できる補助金および申請期間・申請条件は次の表の通りです。

※「デジタル化・AI導入補助金（仮）」は2026年以降の本格稼働が見込まれていますが、2025年度中は従来の「IT導入補助金2025」として、通常枠やインボイス枠などでの公募が継続実施される見込みです。 直近での導入を検討されている医院様は、新制度を待たずとも現行の「IT導入補助金」を活用できる可能性が高いため、ベンダーへの早めの相談をおすすめします。

電子カルテ情報共有サービスの導入に係る補助金

「電子カルテ情報共有サービスの導入に係る補助金」は、前述した電子カルテ情報共有サービスへの接続を前提に、電子カルテの標準化や、健康部門システムと電子カルテシステムの連携をサポートするために提供されている補助金です。

なお、電子カルテ情報共有サービスの利用申請は、補助金申請の前でも後でも可能と明記されています。

交付額

病床数に応じて、次の補助率・金額を上限として補助金を受け取ることができます。

補助対象項目

電子カルテ情報共有サービスに接続することを前提として、次の2つの項目に補助金を充てることができます。

6情報および各文書をFHIRに基づいた形式に変換して、医療機関システムと電子カルテ情報共有サービス間で電子的に送受信する機能を電子カルテシステムなどに導入する際にかかる費用（システム改修費用、SE費用、ネットワーク整備などのシステム適用作業等費用　など）
※なお、「医療機関システム」とは、電子カルテシステム、レセプトコンピュータ/医事会計システム、文書作成システム、地域連携システム、検査システム、健診システムなどを指します。
②（健診部門システム導入済の医療機関の場合）健康部門システムと電子カルテシステムの連携費用

参照：医療機関等向け総合ポータルサイト「電子カルテ情報共有サービスの導入に係る補助金」

デジタル化・AI導入補助金（仮）

「デジタル化・AI導入補助金」とは、「IT導入補助金」の後継事業として2026年に開始される見込みである補助金のことです。

2025年12月時点において詳細は発表されていませんが、経済産業省によって公表された「令和7年度補正予算案」において、「中小企業デジタル化・AI導入支援事業」が掲げられおり、「デジタル化・AI導入補助金」が「IT導入補助金」の後継制度として位置づけられています。

IT導入補助金との違いは、名称（仮）の通り、AI・生成AIの導入支援にも活用できる点にあると考えられます。

また、従来と同じように、業務効率化を目的としたITツールの導入や、企業のDX推進、サイバーセキュリティ対策、インボイス制度への対応なども支援対象となる見通しです。

参照：IT導入補助金2025

参照：中小企業庁「令和7年度補正予算案（中小企業・小規模事業者等関連予算）

なお、デジタル化・AI導入補助金（仮）の詳細が発表された際には、クリニック開業ナビでも詳しく解説していきます。

2026年に申請開始となることが予想される補助金制度は？

2025年12月時点において、すぐに申請可能な補助金は、前述した「電子カルテ情報共有サービスの導入に係る補助金」のみということになりますが、2026年1月以降には、このほかにも補助金事業がスタートすると予想されます。

たとえば、令和7年度には、東京都では「病院診療情報デジタル推進事業」「診療所診療情報デジタル推進事業」の2つの事業において、電子カルテシステムの導入や、電子カルテシステムとその他の医療機器を連携するための経費などに宛てられる補助金を用意していましたが、令和8年度にも同様の事業がスタートされる可能性があります。

前述の通り、政府が「遅くとも2030年には概ねすべての医療機関において必要な患者の医療情報を共有するための電子カルテの導入を目指す」と定めていることから、その他の道府県に関しても、医療DXを推進する事業が実施される可能性が高いといえるでしょう。

参照：東京都保健医療局「令和7年度病院診療情報デジタル推進事業」

参照：東京都保健医療局「令和7年度診療所診療情報デジタル推進事業」

補助金を活用して電子カルテを導入・乗り換えするステップは？

補助金を活用して電子カルテを導入・乗り換えする場合、次のステップを踏むことになります。

自院の現状を分析して課題を明確にする
課題解決に役立つ電子カルテを選定する
補助金を申請する
電子カルテを契約して導入する
【本格稼働の1～2か月前】スタッフ向け研修会を実施
【本格稼働の1週間前目安】試験運用をおこなう
本格稼働させる

電子カルテの導入または乗り換えのステップとして覚えておきたいポイントは大きく3つです。

まず、上記の①②の通り、自院の課題を明確にしたうえで、「課題解決につながる電子カルテであるかどうか」の視点を持って選定することが大切です。課題解決に役立ちそうな電子カルテが複数あるなら、それぞれのベンダーに連絡をとって、詳しい話を聴くなどして、候補の製品を比較検討していきましょう。

たとえば、スタッフの多くがパソコンに対して苦手意識がある場合、操作が簡単な電子カルテ、柔軟にサポートしてくれるベンダーにこだわりたいところです。

また、レセプト返戻が多いことに対して対策を取りたいと考えているなら、レセプトチェック機能の有無や精度を重視してもいいかもしれません。

ポイント2つめとしては、③の通り、補助金を申請するタイミングが「電子カルテを導入する前」であることが挙げられます。なお、補助金を活用したい旨を目当ての電子カルテのベンダーに相談すると、申請方法について詳しく教えてもらえます。

そしてもう1つのポイントは、電子カルテは契約・導入したその日からすぐに使いこなすのは難しいということです。⑤⑥の通り、目安としては、本格稼働の1～2か月前からスタッフ向け研修会を実施して、本格稼働1週間前からは試験運用をおこなうことが望ましいといえます。

「試験運用」とはどういうものかというと、本格稼働しても診療・会計・レセプトの流れに支障がないかを確認するために、実際の業務に近い形で一通り検証をおこなうことをいいます。なお、試験運用は実在患者を対象としても構いませんが、万が一うまく運用できずに業務の流れが悪くなった場合に、すぐに元のカルテに切り替えられるよう準備しておくといいでしょう。

電子カルテを導入することでとれる加算は？

電子カルテを導入しており、なおかつ必要な条件を満たしている医療機関は、「医療DX推進体制整備加算」を算定できます。医療DX推進体制整備加算は、「どの程度医療DX（マイナ保険証・電子処方箋・情報活用）を実装できているか」によって「医療DX推進体制整備加算1」～「医療DX推進体制整備加算6」までの6段階にわかれています。

「医療DX推進体制整備加算1」から**「医療DX推進体制整備加算3」までは電子処方箋にまで対応していて医療DXがかなり進んでいる状況で、「医療DX推進体制整備加算4」から「医療DX推進体制整備加算6」**まではマイナ保険証と情報活用には対応しているものの電子処方箋には未対応という状況です。

また、「医療DX推進体制整備加算1」から「医療DX推進体制整備加算6」まですべての段階において、電子カルテを導入しているだけでなく、次のすべての条件を満たしている必要があります。

［施設基準］
（１）オンライン請求をおこなっていること
（２）オンライン資格確認をおこなう体制を有していること
（３）（医科・歯科）医師・歯科医師が、電子資格確認を利用して取得した診療情報を、診療をおこなう診察室、手術室または処置室等において、閲覧または活用できる体制を有していること
（調剤）保険薬剤師が、電子資格確認の仕組みを利用して取得した診療情報を閲覧または活用し、調剤できる体制を有していること
（４）（医科・歯科）電子処方箋を発行する体制又は調剤情報を電子処方箋管理サービスに登録する体制を有していること（加算1～3のみ）
（調剤）電子処方箋を受け付け、当該電子処方箋により調剤する体制を有するとともに、紙の処方箋を受け付け、調剤した場合を含めて、原則として、全てにつき調剤結果を速やかに電子処方箋管理サービスに登録すること（加算1～2のみ）
（５）電子カルテ情報共有サービスを活用できる体制を有していること（経過措置 令和8年5月31日まで）
（６）マイナンバーカードの健康保険証利用の使用について、実績を一定程度有していること
（７）医療DX推進の体制に関する事項及び質の高い診療を実施するための十分な情報を取得しており、かつその情報を活用して診療をおこなうことについて、当該保険医療機関の見やすい場所及およびウェブサイト等に掲示していること
（８）マイナポータルの医療情報等に基づき、患者からの健康管理に係る相談に応じること
（９）（調剤）電磁的記録による調剤録および薬剤服用歴の管理の体制を有していること

参照：厚生労働省「医療DX推進体制整備加算の見直し（令和7年10月以降）

医療DX推進体制整備加算の点数

医療DX推進体制整備加算の点数は、2025年4月からは次の表の通りに区分されています。

なお、なぜ歯科においては「医療DX推進体制整備加算3」より「医療DX推進体制整備加算4」のほうが点数が高いかというと、評価軸が“医療DXの完成度”ではなく実績（利用率）だからです。というのも、歯科診療においては、医科診療と比べて薬剤処方が少なく、また、特定健診情報の活用場面が限定的であるため、国は「マイナ保険証が実際に使われているかどうか」を医療DX推進の指標にしているのです。

参照：厚生労働省「医療DX推進体制整備加算等の取扱いについて」

加算維持に必要な「マイナ保険証利用率」の目標値

2025年10月以降、各加算区分を算定するために必要な「マイナ保険証利用率」の実績基準は、以下のように段階的に引き上げられます。

※電子処方箋を導入済み（加算1～3）であっても、利用率が基準を下回ると算定できなくなるため、継続的な窓口での利用勧奨が不可欠です。

電子カルテ導入・乗り換えはベストなタイミングを逃さないのが賢いやりかた！

電子カルテの導入・乗り換えを検討しているなら、ベストなタイミングを逃さないのが得策です。何が“ベストなタイミング”かというと、まず、補助金を活用できる期間中に手続きを済ませることは鉄則です。マイナンバーカードなどに関してもそうですが、どっちみち最終的には全員が利用しなくてはならなくなる制度に関しては、ポイントをもらえる期間・補助金を活用できる期間などに導入するに越したことはありません。しかも電子カルテの導入・乗り換えに関しては、診療報酬の加算まであるのだからなおさらです。なかには、面倒くさくて重い腰が上がらないというドクターもいるかもしれませんが、少しでも早いと、得をする可能性が高いだけでなく、「必要な手続きは終わった」という解放感にも浸ることができるはずですよ！

Mac・Windows・iPadで自由に操作、マニュア ルいらずで最短クリック数で診療効率アップ

オンライン診療機能を搭載 したクラウド型電子カルテ 「CLIUS」

特徴

１．使いやすさを追求したUI・UX ・ゲーム事業で培って来た視認性・操作性を追求したシンプルな画面設計 ・必要な情報のみ瞬時に呼び出すことが出来るため、診療中のストレスを軽減 ２．診療中の工数削減 ・AIによる自動学習機能、セット作成機能、クイック登録機能等 ・カルテ入力時間の大幅削減による患者様と向き合う時間を増加 ３．予約機能・グループ医院管理機能による経営サポート ・電子カルテ内の予約システムとの連動、グループ医院管理機能を活用することにより経営サポート実現 ・さらにオンライン診療の搭載による効率的・効果的な診療体制実現

対象規模

無床クリニック向け 在宅向け

オプション機能

オンライン診療 予約システム モバイル端末 タブレット対応 WEB予約

提供形態

サービス クラウド SaaS 分離型

診療科目

内科、精神科、神経科、神経内科、呼吸器科、消化器科、、循環器科、小児科、外科、整形外科、形成外科、美容外科、脳神経外科、呼吸器外科、心臓血管科、小児外科、皮膚泌尿器科、皮膚科、泌尿器科、性病科、肛門科、産婦人科、産科、婦人科、眼科、耳鼻咽喉科、気管食道科、放射線科、麻酔科、心療内科、アレルギー科、リウマチ科、リハビリテーション科、、、、

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